通过使用人类RPTEC/TERT1 TXG-MAPr基因共同表达网络在体外进行基于转录组学的毒性机制性评估
Hugo W van Kessel1, Steven J Kunnen1, Giulia Callegaro1
1Division of Cell Systems and Drug Safety, Leiden University, Leiden Academic Centre for Drug Research, Leiden, The Netherlands.
概括
这项研究引入了一种新的人类脏基因共同表达网络,以改善化学安全测试. 这种方法提高了对毒性影响的预测,超越了传统的动物模型,以更好地评估人类健康风险.
科学领域:
- 毒理学 毒理学 毒理学
- 基因组学就是基因组学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 传统的化学安全动物试验在预测人类毒性方面存在局限性.
- 新方法方法 (NAMs),特别是体外转录组学,对于理解毒性机制至关重要.
- 需要用于化学风险评估的人体相关的体外模型.
研究的目的:
- 开发第一个人体脏体外毒基因组共同表达网络.
- 识别和分析与毒性相关的基因联合表达模块.
- 在化学安全评估中创建一个交互式平台来解释这些网络.
主要方法:
- 从暴露于毒剂的人类管近接层上皮细胞 (RPTEC/TERT1) 中利用的转录形状.
- 应用加权相关性网络分析来识别基因共同表达模块.
- 开发了R Shiny平台RPTEC/TERT1 TXG-MAPr,用于网络可视化和分析.
主要成果:
- 鉴定出与特定毒剂作用机制相关的独特基因协同表达模块.
- 证明基于模块的分析可以区分毒理途径.
- 成功将转录模块与毒性不良结果途径 (AOP) 网络中的关键事件 (KE) 联系起来.
结论:
- 基因共同表达网络分析为基于机制的化学风险评估提供了强大的工具.
- 开发的TXG-MAPr平台有助于解释复杂的毒基因组数据.
- 这种方法支持下一代,与人类相关的化学安全评估的进步.
