在FPE组织中对成像空间转录组学平台的系统基准测试
Huan Wang1, Ruixu Huang2, Jack Nelson1
1Spatial Technology Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA.
Nature communications
|November 20, 2025
概括
这项研究对三个成像空间转录组学 (iST) 平台进行了基准测试,用于分析甲固定嵌 (FFPE) 组织. 的转录数量较高,而Xenium和CosMx与空间细胞类型的单细胞转录组学保持一致.
科学领域:
- 空间转录组学 空间转录组学
- 分子病理学分子病理学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 新兴的成像空间转录学 (iST) 平台分析细胞相互作用和组织中的基因表达.
- 这些平台对于常用于病理学的甲固定嵌 (FFPE) 组织非常有价值.
- 基准测试对于选择适当的iST方法来进行FPE样本分析至关重要.
研究的目的:
- 为了对三个商业iST平台的性能进行比较:10X Xenium,Vizgen MERSCOPE和纳米链CosMx.
- 评估它们在各种瘤和正常组织的组织微阵列 (TMA) 上的技术和生物性能.
- 引导研究人员选择FFPE样本的最佳iST方法.
主要方法:
- 对10X Xenium,Vizgen MERSCOPE和纳米链CosMx平台进行比较分析.
- 使用了来自TMA的序列切断,其中包含17种瘤和16种正常组织类型.
- 评估了转录数,特异性,与单细胞转录组学相一致,以及细胞类型化能力.
主要成果:
- 10XXenium始终在不影响特异性的情况下产生更高的每基因转录数量.
- 和CosMx在RNA转录测量中证明了与正交单细胞转录学的一致性.
- 所有平台都进行了空间分辨的细胞类型识别,Xenium和CosMx识别的子集群比MERSCOPE更多,尽管错误率有所不同.
结论:
- 该研究提供了FFPE组织分析的三个领先的iST平台的全面基准.
- 10X Xenium提供了高的转录产量和特异性,而Xenium和CosMx在空间解析的细胞类型中表现出色.
- 这些发现将有助于研究人员选择最合适的iST平台,用于他们特定的FFPE研究.
