在小样本大小数据集中绘制分子定量特征位置的下一个流管道,在大西洋鱼中应用
Dat Thanh Nguyen1,2, Simen R Sandve3, Sigbjørn Lien3
1Centre for Integrative Genetics, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, 1432, Norway. n.dat@outlook.com.
BMC genomics
|November 21, 2025
概括
我们开发了nf-RASQUAL,这是一个可扩展的工具,用于在水生物种中进行分子定量特征位置 (molQTL) 映射. 这种方法增强了基因表达和染色质可访问性的分析,推进了水产养殖基因组学.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 水生基因组学 在水生基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 分子定量特征位置 (molQTL) 映射对于理解遗传变异的调节和功能作用至关重要.
- 水生基因组学研究受到统计能力所需的大样本大小的限制.
研究的目的:
- 为了提高 molQTL 检测的 RASQUAL 方法的可扩展性,可复制性和可访问性.
- 通过使用Nextflow工作流框架来自动化QTL映射来调整RASQUAL.
主要方法:
- 利用了Nextflow的工作流框架来创建nf-RASQUAL.
- 实现了自动化QTL映射,具有强大的多重测试校正.
- 将nf-RASQUAL应用于12只大西洋鱼的多omics数据集.
主要成果:
- 在大西洋鱼中通过多种组织识别了众多显著表达和染色质可访问性QTL.
- 发现变异常常存在于非编码区域,caQTL SNPs可能会破坏转录因子动机.
- 观察到eQTL和caQTLSNP的丰富局部化,这表明大脑,肝脏和性腺组织的共同调节机制.
结论:
- nf-RASQUAL证明了在水产养殖中对遗传调节研究的可扩展性和实用性.
- 该工具促进了对未被充分探索的水生物种的molQTL研究.
- 改善了对受水产养殖遗传多样性影响的分子表型的理解.
