WebCMap:在CMap框架内使用R包进行高吞吐量连接分析

科学领域:

• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学
• 药理学 药理学是指药理学的学科.

背景情况:

• 药物诱导的转录组签名对于识别新疾病的候选药物至关重要.
• 连接地图 (CMap) 数据库包含超过72万个由化合物诱导的签名,广泛用于药物重用.
• 分析CMap签名面临的挑战是由于高计算需求和各种分析方法的不一致结果.

研究的目的:

• 开发一个R包,WebCMap,用于有效和全面地分析CMap药物诱导的签名.
• 为了在整个CMap数据库中搜索具有相似或相反活动的化合物.
• 提供一个用户友好的工具,用于在个人计算机资源上重新使用药物.

主要方法:

• WebCMap 实现了六种已建立的计算方法来分析转录组签名.
• 包含一个元分数来评估不同方法的结果的一致性.
• 该软件包使用网络加速框架,预先计算的排列测试统计数据和多核并行化以提高速度.

主要成果:

• WebCMap 便于对候选化合物进行快速选,以对抗大量药物诱导的特征.
• 该R套件可以在个人电脑上高效地检索分析结果.
• 它解决了计算瓶,并提高了连接分析的可靠性.

结论:

• WebCMap提供了一种强大且易于使用的解决方案,用于使用连接地图重新使用药物.
• 该套件提高了转录密码签名分析的效率和一致性.
• 它为研究人员民主化了对大规模药物重定向分析的访问.