基准分析信息学工作流程用于数据独立获取单细胞蛋白质组学
Jianwei Wang1, Yi Huang1,2, Fanghua Lu1,2
1Single-Cell Proteomics Research Center, and Zhejiang Key Laboratory of Intelligent Manufacturing for Functional Chemicals, ZJU-Hangzhou Global Scientific and Technological Innovation Center, Zhejiang University, Hangzhou, China.
Nature communications
|November 21, 2025
概括
本研究引入了一个框架,用于比较单细胞蛋白质组学数据分析策略,使用数据独立采集质谱法 (DIA MS). 它比较软件工具和信息化工作流程,以指导DIA MS数据分析.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 使用数据独立采集质谱 (DIA MS) 的单细胞蛋白质组学正在迅速发展.
- 各种数据分析策略对单细胞蛋白质组结果的影响仍未得到充分研究.
研究的目的:
- 建立一个框架,用于对基于DIA的单细胞蛋白质组学数据分析策略进行基准测试.
- 系统地评估不同的软件工具,搜索策略和信息化工作流组合.
主要方法:
- 开发了一个基于DIA的单细胞蛋白质组学的基准测试框架.
- 比较了流行的DIA数据分析软件和搜索策略.
- 评估了信息化工作流组合:稀疏性减少,缺失值赋值,规范化,批量效应校正和差异表达式分析.
主要成果:
- 对DIA数据分析软件和搜索策略的全面比较.
- 系统评估信息化工作流程方法组合.
- 在模拟和真实单细胞样本上进行的基准测试.
结论:
- 为基于DIA的单细胞蛋白质组学数据分析提供建议.
- 强调选择适当的数据分析策略的重要性,以获得可靠的结果.
- 促进了单细胞蛋白质组研究中数据的改进解释.
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