全基因组放大平台的性能评估,用于临床下一代测序,最小核酸输入
Namsoo Kim1,2, Hyeon Ah Lee3, Miri Park1
1Department of Laboratory Medicine, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea.
Annals of laboratory medicine
|November 24, 2025
概括
本研究比较了四个全基因组放大 (WGA) 套件用于临床诊断中的低输入下一代测序 (NGS). 解决DNA尽量减少等位基因的脱落,而PicoPLEX在定量准确度方面表现出色,用于模拟和副本数量的变化.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 下一代测序 (NGS) 对于临床诊断至关重要.
- 低DNA产量往往挑战标准的NGS工作流程.
- 全基因组放大 (WGA) 解决了低DNA输入问题,但不同WGA平台上的比较数据有限.
研究的目的:
- 系统地评估和比较四个商业WGA平台的性能.
- 在低输入条件下 (100 pg 和 1 ng DNA) 评估WGA套件的性能.
- 根据分析终点指导特定临床应用的平台选择.
主要方法:
- 评估了四个WGA平台:REPLI-g (多位移放大),PicoPLEX和SurePlex (修改的MALBAC),以及ResolveDNA (主要模板定向放大).
- 使用包括等位基脱落 (ADO),嵌合体,拷贝数变异 (CNV) 和总DNA产量在内的指标来评估性能.
主要成果:
- 解析DNA表现出最低的等位基因脱落率.
- 皮科普莱克斯提供了最准确的金梅主义和CNV的量化.
- REPLI-g产生了最多的DNA,但在超低输入时显示出显著的放大偏差和ADO.
- SurePlex 展示了中间性能,而 PicoPLEX 和 SurePlex 提供了一致的 CNV 和模拟精度.
结论:
- 根据分析需求,WGA平台的性能会有所不同.
- 经过修改的MALBAC平台 (PicoPLEX,SurePlex) 对于定量准确性 (chimerism,CNV) 是最优的.
- 基于PTA的WGA (ResolveDNA) 对于等位基忠实性是首选的.
- 这些发现有助于选择WGA平台用于低输入的NGS应用,如植入前测试和无细胞DNA分析.
