GMrepo v3:一个精心策划的人类肠道微生物群数据库,扩大了疾病覆盖范围和增强了跨数据集生物标记分析
Can Liu1, Xiaohan Wang1, Zhilin Zhang1
1Key Laboratory of Molecular Biophysics of the Ministry of Education, Hubei Key Laboratory of Bioinformatics and Molecular-Imaging, Center for Artificial Intelligence Biology, Department of Bioinformatics and Systems Biology, College of Life Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430074, China.
Nucleic acids research
|November 24, 2025
概括
肠道微生物组数据库 (GMrepo) v3现在包括超过118,000个样本和300种疾病,增强了肠道微生物组研究. 它识别了与各种健康状况相关的可再生微生物标记物.
科学领域:
- 微生物组研究 微生物组研究
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 人体肠道微生物组数据复杂,通常很难在不同研究中进行比较.
- 标准化数据库对于推进微生物组研究和了解疾病关联至关重要.
研究的目的:
- 发布GMrepo v3,一个扩展和增强的人类肠道转基因组数据库.
- 为了促进肠道微生物组数据的跨项目和跨疾病的比较.
- 识别和验证与人类健康和疾病相关的可再生微生物标记物.
主要方法:
- 扩大GMrepo数据库,包括890个项目和118,965个样本 (16S rRNA和元基因组).
- 增加疾病注释到302,使得更广泛的疾病相关微生物组分析.
- 使用标记物一致性指数 (MCI) 系统识别和微生物标记物的交叉数据集比较.
主要成果:
- GMrepo v3 包含 1299 种与 275 个项目的 167 种表型对相关的标记物种.
- 确定了143个标志物在健康对照中 (MCI>75%) 和85个疾病中 (MCI <25%) 持续丰富.
- 开发了一个以标记器为中心的接口,用于探索跨疾病的微生物标记器行为.
结论:
- GMrepo v3为人类肠道微生物组研究提供了显著扩展的资源.
- 该数据库能够对与健康和疾病相关的可复制微生物特征进行可靠的识别.
- GMrepo v3支持先进的比较分析,以更深入地了解肠道微生物组在人类健康中的作用.
