优化样品制备以进行无培养纳米孔测序,以便在牛乳腺炎中快速分析病原体和抗菌素耐药性
Crystal Chapagain1, Abdolrahman Khezri1, Jawad Ali1
1Department of Biotechnology, University of Inland Norway, Hamar, Norway.
Frontiers in microbiology
|November 24, 2025
概括
优化DNA提取用于乳腺炎牛奶的长读序列,使得快速,无培养的病原体和抗菌素耐药性 (AMR) 的检测. HostZero套件和简单的离心试验证明了对准确诊断的有效性.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性
背景情况:
- 乳腺炎牛奶分析具有挑战性,因为其复杂的基质,低细菌负载和高宿主细胞含量.
- 无培养长读元基因组测序提供了快速的病原体和抗菌素耐药性 (AMR) 分析.
- 优化DNA提取对于成功地对乳腺炎牛奶进行直接测序至关重要.
研究的目的:
- 为了优化乳腺炎的无培养纳米孔测序协议,牛奶.
- 评估用于移除宿主DNA和丰富细菌DNA的DNA提取套件.
- 为了快速识别乳腺炎病原体和AMR基因.
主要方法:
- 通过离心,梯度离心和脂肪分数处理优化样品处理.
- 评估了四个DNA提取套件 (血液和组织,溶解完整5,HostZero,SPINeasy主机耗尽).
- 使用qPCR量化细菌和牛DNA来评估宿主枯竭效率.
- 利用牛津纳米孔长读测序用于病原体和AMR基因检测.
主要成果:
- 简单的离心法有效地在没有化学处理的情况下集中了细菌细胞.
- HostZero套件展示了优越的DNA产量,完整性和宿主DNA耗尽.
- 纳米孔测序成功识别了Gram-阳性和Gram-阴性乳腺炎病原体和AMR基因.
- qPCR证实,在测试的套件中,宿主DNA显著减少,其中HostZero表现最佳.
结论:
- 有效的DNA提取对于乳腺炎牛奶的直接基因组测序至关重要.
- 优化的协议和HostZero套件增强了细菌DNA恢复和宿主DNA去除.
- 直接基因组测序是一种有前途的快速,无培养工具,用于乳腺炎诊断和AMR监测.
