stPipe:一个灵活和精简的R/生物导体管道,用于预处理基于测序的空间转录组学数据
Yang Xu1,2, Callum J Sargeant1, Yue You3,4
1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, Parkville, VIC 3052, Australia.
NAR genomics and bioinformatics
|November 24, 2025
概括
stPipe是一个新的R/生物导体包,提供了一个统一的解决方案,用于预处理来自各种测序平台的空间转录组学 (sST) 数据. 该工具简化了数据分析,并实现了强大的方法基准测试,以改进空间生物学研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 基于测序的空间转录学 (sST) 技术,如10× Visium,Slide-seq和Stereo-seq正在迅速发展.
- 不同的平台在数据预处理和下游分析标准化方面存在挑战.
研究的目的:
- 推出stPipe,一个全面的,模块化的,开源的sST数据预处理管道.
- 为处理来自各种主流sST平台的数据提供统一的解决方案.
主要方法:
- stPipe是作为一个R/生物导体包实现的.
- 它将原始FASTQ文件处理成空间解析的基因计数矩阵.
- 它包括质量控制指标和标准化数据存储,以实现下游兼容性.
主要成果:
- stPipe 便于从不同平台上统一预处理 sST 数据.
- 该管道简化了使用参考数据集 (如cadasSTre和SpatialBenchVisium) 的方法基准测试.
- 能够更容易地比较不同的sST技术和分析工具.
结论:
- stPipe解决了对sST数据进行简化,标准化预处理的需求.
- 它增强了跨不同空间转录组学平台的结果的可比性.
- 促进空间生物学研究中的强有力的基准分析和下游分析.


