HXMS:HX/MS数据的标准化文件格式
Kyle C Weber1, Chenlin Lu1, Roberto Vera Alvarez2
1Department of Biochemistry and Molecular Biophysics, Columbia University, New York, NY 10032, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|November 24, 2025
概括
一个新的HXMS文件格式和PFLink软件标准化-交换/质谱 (HX/MS) 数据. 这使得更多的定量分析,更好的数据共享和未来的机器学习应用用于蛋白质构成研究.
科学领域:
- 生物化学和结构生物学
- 计算生物学和生物信息学
背景情况:
- -交换/质谱 (HX/MS) 对于研究蛋白质构造动力学至关重要.
- 目前的HX/MS数据格式缺乏标准化,阻碍了数据分析和信息内容,通常只使用心心水平数据,而不是全同位素质谱.
研究的目的:
- 为HX/MS数据开发一个统一的,标准化的数据格式.
- 加强HX/MS社区内的定量分析和数据共享能力.
主要方法:
- 介绍了HXMS文件格式,设计为轻量级,可扩展和人类可读.
- 开发PFLink,这是一个Python包,用于将现有的HX/MS数据文件转换为HXMS格式.
- 包括对同位素质量包裹,实验时间流程,PTM和复制品的支持.
主要成果:
- 与中心层格式不同,HXMS格式保留了全面的同位素和时间数据.
- PFLink 便于将常见的 HX/MS 软件中的数据无转换为标准化的 HXMS 格式.
- 新的格式和工具支持先进的分析,包括多式联网分发和实验复制.
结论:
- HXMS格式和PFLink包为HX/MS数据表示和分析提供了标准化解决方案.
- 这些发展将改善数据共享,定量准确性,并使未来的机器学习应用在蛋白质科学中成为可能.
- PFLink是公开的,促进在HX/MS领域的更广泛的采用和合作.
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