全癌症3D基因组分析揭示了极长的Polycomb循环作为对Polycomb抑制敏感性的生物标志物

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 癌症生物学 癌症生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 聚合体向的位点形成长距离的色素相互作用,称为长聚合体循环,主要存在于自我更新的细胞中,如造血干细胞 (HSC) 和胚胎干细胞 (ESC).
• 这些循环独立于CTCF凝聚力,具有较低的DNA甲基化.
• 它们在癌症中的存在和功能在很大程度上尚未被探索.

研究的目的:

• 进行泛癌调查,以确定各种瘤类型中长波利康巴循环的流行率和特征.
• 为了研究长的Polycomb循环与特定癌症亚型和突变的关联.
• 探索长Polycomb循环作为治疗向生物标志物的潜力.

主要方法:

• 一项对264个瘤样本的泛癌调查,包括急性髓性白血病 (AML),T细胞淋巴细胞白血病,乳腺癌,儿科脑瘤,前列腺癌和结肠癌.
• 对长的Polycomb循环相互作用和在循环上的Polycomb结合的分析.
• 循环存在与癌症亚型,突变 (例如,CEBPA,STAG2) 的相关性,以及对EZH2抑制的敏感性.

主要成果:

• 大多数癌症,包括前列腺癌和结肠癌,都缺乏长的Polycomb循环. 儿科大脑瘤 (ependymoma PFA亚型) 和某些AML表现出强烈的长聚合物循环相互作用.
• AML表现出不同的模式:大多数人失去循环,而10%的人保留它们,通常与CEBPA和STAG2突变有关.
• 在AML中观察到对EZH2抑制的敏感性具有强大的长长的Polycomb循环,而PRC1依赖性预测了B细胞淋巴细胞白血病中的循环形成.

结论:

• 瘤生成通常对抗长期的Polycomb循环维护,但一些癌症会将它们从它们的起源细胞中保存下来.
• 强大的长Polycomb循环的存在可以作为一个表观基因生物标志物来预测对Polycomb向疗法的敏感性.
• 针对Polycomb复合体,如EZH2,在维持这些染色质结构的癌症中显示出治疗潜力.