在两个祖先群体中改善高血压多基因风险评分的性能
Marguerite R Irvin1, Vinodh Srinivasasainagendra2, Nicole D Armstrong1
1Department of Epidemiology, School of Public Health, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA.
这项研究表明,使用更新的链接不平衡参考面板和功能注释可以改善高血压的多基因风险评分 (PRS). 然而,这些改进并没有减少欧洲裔美国人和非裔美国人之间的差异.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 人口健康 人口健康
背景情况:
- 多基因风险评分 (PRS) 方法正在进步,功能注释显示有望改善变异权重.
- 链接不平衡 (LD) 参考面板对PRS性能的影响不太清楚.
- 使用PRS跨不同祖先的高血压 (HTN) 风险预测需要强大的方法.
研究的目的:
- 为了比较两种贝叶斯PRS方法 (LDpred-funct和PRS-CS) 对高血压的性能.
- 评估功能注释和不同LD参考面板 (HapMap 3和TagIt) 对PRS的影响.
- 评估欧洲裔美国人 (EA) 和非洲裔美国人 (AA) 祖先群体的PRS表现.
主要方法:
- 两种贝叶斯式PRS方法,LDpred-funct (带注释) 和PRS-CS (没有注释),被应用于高血压.
- 使用标准HapMap 3 (HM3) LD面板和多祖先的TagIt LD面板测试了PRS-CS.
- 来自REGARDS研究的个体级数据被用来优化得分,在HyperGEN研究中使用R2和每标准偏差 (SD) 的几率比率 (OR) 来评估绩效.
主要成果:
- 在HyperGEN中的欧洲裔美国人中,使用TagIt面板的PRS-CS实现了7.3%的R2,而LDpred-funct实现了6.0%,而使用HM3.3的PRS-CS则达到1.4%.
- 对于高血压,每次SD的几率比率在PRS-CS-TagIt (2.17) 和LDpred-funct (2.14) 与PRS-CS-HM3 (1.40) 相比较高.
- 在非洲裔美国人中,PRS表现的改善较为温和,PRS-CS-TagIt的R2值为2.9%,LDpred-funct的R2值为1.9%,而PRS-CS-HM3.0的R2值为0.7%.
结论:
- 功能注释和更新的LD面板都提高了EA和AA组中高血压的PRS性能.
- 使用多祖先LD面板 (TagIt) 和功能注释提高了PRS的准确性.
- 尽管性能有所提高,但评估的PRS方法并没有在研究的祖先群体的风险预测中实现更大的公平性.
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