复制时间,基因表达和染色质可访问性之间的长期关系在早期小鼠胚胎发生过程中得到维护
Juan Carlos Rivera-Mulia1,2,3,4,5
1Department of Biochemistry, Molecular Biology and Biophysics, University of Minnesota Medical School, Minneapolis, MN, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|November 26, 2025
概括
复制时间 (RT) 建立在胚胎中,而不是以后. 对最近数据的重新分析证实了RT的存在.
科学领域:
- 发展生物学 发展生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 复制时间 (RT) 控制着基因组复制,3D基因组组织和基因表达.
- 哺乳动物早期发育过程中RT的建立仍然不太清楚,有相互矛盾的发现.
- 最近的研究提出了RT建立的不同模型,挑战了与基因表达的既定关系.
研究的目的:
- 批判性地评价最近关于哺乳动物的复制时间 (RT) 建立的说法.
- 重新评估RT,基因表达和早期胚胎发育期间染色质可访问性之间的关系.
- 解决先前研究中的方法缺陷,并提供对RT建立的更正理解.
主要方法:
- 从最近的出版物中批评和重新分析单细胞RT数据.
- 从已建立的研究中应用阶段匹配的控制来进行比较分析.
- 检查影响RT推理的计算方法和数据处理工件.
主要成果:
- 最近研究的方法缺陷和人工制造导致了不可靠的RT推断.
- 拟议的RT与基因表达之间的反相关性是有缺陷的方法学的工件.
- 重新分析证实RT已在胚胎中建立,并保持其与基因表达和染色质可访问性的正规关系.
结论:
- 复制时间是在胚胎中建立的,这与最近关于后期建立的说法相矛盾.
- 复制时间,转录活性和染色质可访问性之间的正规关系在早期哺乳动物胚胎发生过程中得到保护.
- 经过校正的分析驳斥了错误的结论,并重申了发育基因组学的既定原则.
