在加拿大安大略省产生卡巴酶的肠杆菌的传播:回顾性基因组分析
Conrad Izydorczyk1, Robyn Lee2, Laura Mataseje3
1Department of Microbiology, University Health Network/Sinai Health System, Toronto, Canada.
Emerging microbes & infections
|November 26, 2025
概括
在加拿大安大略省,产生碳酶的肠道细菌 (CP-Ent) 正在扩散,医院的排水可能有助于传播. 基因组分析显示,患者和排水CP-Ent菌株之间存在联系,突出了医疗保健机构的环境储存库.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组流行病学 基因组流行病学
- 传染病监测 传染病监测 传染病
背景情况:
- 碳酶产生肠道细菌 (CP-Ent) 由于其日益增多的流行率和菌株多样性,对全球健康构成重大威胁.
- 了解CP-Ent在医疗保健和环境环境中的传播动态对于有效的控制策略至关重要.
- 之前的研究集中在患者传染,不太重视环境水库的作用.
研究的目的:
- 从2007年到2020年,调查加拿大安大略省中南部CP-Ent的基因组流行病学.
- 评估患者中发现的CP-Ent与环境来源,包括医院排水和废水之间的关系.
- 识别导致CP-Ent传播的传输集群和潜在的环境水库.
主要方法:
- 从患者,医院水槽/淋浴排水和城市废水中收集和分析CP-Ent分离物.
- 使用Illumina技术对CP-Ent分离物的全基因组测序.
- 用Snippy,IQ-Tree和ClonalFrameML进行基因组分析,以基于单核酸变异差异来定义菌株.
主要成果:
- 从2007年到2020年,CP-Ent的殖民化和感染发生率显著增加.
- 在3.5%的医院排水和22%的废水培养中检测到CP-Ent;患者和排水隔离物显示出相似的物种和碳烯酶配置文件,而废水隔离物则是不同的.
- 35%的患者是传染集群的一部分,其中几个集群包括排水隔离物和与病房暴露的强有力的联系,这表明水槽/淋浴排水可能在传染中发挥作用.
结论:
- 尽管有传染控制努力,CP-Ent是医院传染集群的一部分,而水槽/淋浴排水可能与其传播有关.
- 基因组流行病学揭示了患者和环境CP-Ent之间的联系,强调了环境储库在传播中的重要性.
- 未被检测到的患者,排水道或其他储存可能会导致正在研究的人群中持续的CP-Ent传播.
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