多标志物GWAS和变种特定基因组预测太平洋白的生长特征
Tianzan Lv1,2,3, Yan Xia1,2, Jian Tan1,2
1State Key Laboratory of Mariculture Biobreeding and Sustainable Goods, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, 266071, China.
Scientific reports
|November 26, 2025
概括
短串联重复 (STR) 在基因组中很丰富,并表现出高的多态性,使它们成为有价值的分子标记物. 在GWAS中将STR与其他标记物集成,显著改善了生长特征识别和基因组预测准确度.
科学领域:
- 水产养殖基因组学 水产养殖基因组学
- 水生动物中的分子标记物
- 基因组预测模型
背景情况:
- 潘尼乌斯·瓦纳梅的基因组包含大量的短串重复 (STR),其中很大一部分具有显著的多态信息内容.
- 这些特征表明,STR具有相当大的应用潜力,可以作为遗传学中的分子标记物.
研究的目的:
- 通过使用STR,SNP和InDel标记进行综合基因组范围的关联研究 (GWAS),以确定Penaeus vannamei.的生长相关位点.
- 在基因组预测模型中评估STR与SNP相比的性能,并评估标记物选择策略对预测准确性的影响.
主要方法:
- 使用STR,SNP和InDel标记器进行了整合性GWAS,以确定78个与生长相关的位置.
- 使用包括GBLUP和KRR在内的基因组预测模型来评估STR和SNP的准确性,并研究了标记物选择策略 (STR-Top和SNP-Top集).
主要成果:
- 该研究确定了78个与生长相关的位置,包括17个新型STR,以及与代谢和变基因相关的6个区域.
- 在低标记密度下,STR在GBLUP中表现优于SNP,达到高达183%的精度增长.
- 基于GWAS的标记选择改善了跨种群预测,在GBLUP下,STR-Top集提高了0.6%-3.0%的准确性,而在KRR下,SNP-Top集显示了更大的收益.
结论:
- 短串联重复 (STR) 是Penaeus vannamei.的遗传研究中非常有价值的分子标记物.
- 整合多种标记物类型,特别是STR,增强了特征剖析,提高了基因组预测的准确性,支持它们在水生动物育种计划中的应用.
