基于混合捕获的NGS小组的开发和评估,用于全面检测呼吸道病原体

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 传统的诊断分析往往无法识别导致传染病的各种病原体.
• 下一代测序 (NGS) 提供一种独立于培养的方法,用于直接从临床样本中全面检测病原体.
• 基于混合捕获的NGS增强了从临床标本中的病原体识别.

研究的目的:

• 开发和评估一种基于混合捕获的NGS小组,用于检测85种呼吸道病原体.
• 评估开发的NGS小组的分析和临床性能.
• 提高未知病因的呼吸道感染的诊断能力.

主要方法:

• 开发基于混合捕获的NGS小组,针对62种病毒和23种细菌/真菌.
• 使用50种病原体进行分析验证,以确定灵敏度和基因组覆盖范围.
• 对561个呼吸器标本进行临床评估,以评估现实世界的性能.

主要成果:

• 实现了高分析灵敏度:32/36个病毒点的基因组覆盖率≥96%和所有14个细菌/真菌点的≥95%.
• 该小组在Ct值高达34.0时保持了≥80%的基因组覆盖率.
• 临床评估确定了25种病原体物种,在57.5%的病毒阳性和83.6%的细菌阳性样本中≥90%的基因组覆盖率;检测到RT-PCR遗漏的病原体,并确定了35种并发感染.

结论:

• 混合捕获NGS面板显示了对呼吸道病原体的高灵敏度和广泛覆盖.
• 这种方法增强了呼吸道感染中的病原体检测,包括具有高Ct值和并发感染的病原体.
• 该技术作为传染病监测,准备和开发有针对性的干预措施的实际平台.