对以探针为基础的缩协议进行评估,用于对动物感染病毒的纳米孔测序
Kailin Hawes1, Benjamin Greene1, Zachary A Weishampel1
1Laboratory of Virology, Division of Intramural Research, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Hamilton, MT 59840, USA.
Viruses
|November 27, 2025
概括
这项研究通过优化针对牛津纳米孔测序的向丰富来增强病毒病原体检测. 改进的方法可以在低滴度现场样本中提高病毒的识别能力,有助于预防溢出.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 下一代测序的低灵敏度阻碍了检测高后果病毒病原体.
- 现场样本含有丰富的非病毒物质,减少获得可用的病毒序列数据的机会.
- 像VirCapSeq-VERT这样的向丰富方法可以改善病毒检测,但主要用于临床样本.
研究的目的:
- 使用牛津纳米孔测序来定制和调整VirCapSeq-VERT探针系统来检测动物传播病毒.
- 评估优化协议在各种样本类型上的性能,包括低值现场样本.
- 开发一个生物信息管道 (Nanite) 来分析测序数据.
主要方法:
- 针对动物传播病毒检测的VirCapSeq-VERT探针系统的定制.
- 对牛津纳米孔测序平台的协议的调整.
- 使用模拟病毒组,动物实验室样本和动物现场样本进行验证.
- 开发用于数据分析的Nanite生物信息管道.
主要成果:
- 优化的丰富协议显著提高了病毒检测灵敏度.
- 改进的测序导致了更长的读取长度,在某些情况下,更好的基因组覆盖率.
- 最重要的是,在低滴度现场样本中对动物性传染病毒的测序显示出明显的改善.
- 纳尼特管道促进了高效的生物信息学分析.
结论:
- 适应的VirCapSeq-VERT协议有效地增强了牛津纳米孔测序,用于检测动物传播病毒.
- 这种方法对于分析低滴度现场样本特别有价值,对于溢出监测至关重要.
- 该协议代表了面向现场的病毒发现和监测的重大进展.
