点击-qPCR:一个简单的交互式qPCR数据分析工具
Azusa Kubota1, Atsushi Tajima1
1Department of Bioinformatics and Genomics, Graduate School of Advanced Preventive Medical Sciences, Kanazawa University, Kanazawa, Japan.
Bio-protocol
|November 27, 2025
概括
点击-qPCR是一个免费的,基于网络的工具,使用实时定量PCR (qPCR) 数据简化基因表达分析. 该应用程序使生物学家能够轻松执行复杂的统计分析,并产生出版品质的可视化图像,而不需要编码技能.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 实时定量PCR (qPCR) 对于基因表达和DNA复制数分析至关重要.
- 对于缺乏计算专业知识的生物学家来说,有限的用户友好软件阻碍了qPCR数据分析.
研究的目的:
- 开发Click-qPCR,这是一个可访问的,基于Web的闪亮应用程序,用于简化qPCR数据分析.
- 为研究人员提供高效的工具来处理,解释和可视化qPCR结果.
主要方法:
- 开发了一个用户友好的,基于浏览器的Shiny应用程序,名为Click-qPCR.
- 综合 ΔCq 和 ΔΔCq 从用户上传的 CSV 文件进行计算.
- 实施了Welch的t测试和ANOVA与Dunnett的后期测试的基因/组的交互选择.
主要成果:
- 点击-qPCR提供直观的工作流程,用于对qPCR数据进行统计分析.
- 交互式条形图与平均值±SD和个别数据点生成.
- 出版品质的可视化和总结统计数据可下载.
结论:
- 点击-qPCR为所有技能水平的研究人员提供高效和可重复的qPCR数据分析.
- 这种开源,免费访问的应用程序促进了分子生物学和生物医学研究的透明度和采用.


