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Updated: Jan 10, 2026

08:53
Isolation and Transcriptome Analysis of Plant Cell Types
Published on: April 7, 2023
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FX-Cell:一种在难以消化和冷保存的植物样本上进行单细胞RNA测序的方法
Xin Ming1, Mu-Chun Wan1,2, Zheng-Da Zhang1
1Key Laboratory of Plant Carbon Capture, CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences (CEMPS), Institute of Plant Physiology and Ecology (SIPPE), Chinese Academy of Sciences (CAS), Shanghai, China.
Nature methods
|November 27, 2025
概括
新的FX-Cell方法使高质量的单细胞RNA测序能够用于具有挑战性的植物样本,包括冷保存的组织和难以消化的器官. 这推动了植物基因组学和全面的植物细胞图谱的创建.
科学领域:
- 植物生物学 植物生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 在植物中,单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 对于理解细胞多样性和功能至关重要.
- 许多植物组织对酶性消化有抗性,阻碍了scrRNA-seq.的原生质分离.
- 田间作物带来了挑战,因为对原生质准备的直接实验室设施的访问有限.
研究的目的:
- 开发用于scRNA-seq.的难以消化和冷保存的植物样本制备高质量的原生质的新方法.
- 克服当前植物单细胞基因组学工作流程的局限性.
- 扩大植物单细胞多组学研究的范围.
主要方法:
- 开发了FX-Cell,FXcryo-Cell和CryoFX-Cell协议的开发.
- 优化固定缓冲区和最大限度地减少RNA降解.
- 高温酶化消化,以有效去除细胞壁.
- 原生质的冷保存,以便在-80°C下长期储存.
主要成果:
- 成功生成高质量的单细胞RNA测序数据,来自具有挑战性的植物组织 (大米耕种节点,野生大米根茎,玉米冠根).
- 在长期冷保存后保存高质量的单细胞.
- 在单细胞分辨率下精确重建植物急性受伤反应.
- 绕过核的隔离,专注于可翻译的信使RNA.
结论:
- FX-Cell及其衍生品显著扩大了植物单细胞基因组学的适用性.
- 这些方法使得scRNA-seq能够从更广泛的植物物种和组织中获取,包括野外种植的作物.
- 开发的协议为创建全面的植物细胞地图铺平了道路.

