用CovalentLab对共价药物的一次性合理设计
Xi Xue1, Xiangying Liu1,2, Xue Liu1,2
1State Key Laboratory of Bioactive Substances and Functions of Natural Medicines, Institute of Materia Medica, Peking Union Medical College and Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100050, P. R. China.
协同实验室 (CovalentLab) 是一个用于设计向协同药物的新计算平台. 它通过识别新的结合部位并产生超过10万个潜在的共价分子来扩大药物发现范围,用于各种疾病.
科学领域:
- 药物发现和设计 药物发现和设计
- 计算化学计算化学
- 药用化学 医学化学
背景情况:
- 向的共价药物对疾病治疗有很大的前景.
- 目前的共价药物设计方法仅限于特定的残留物,如氨酸和氨酸.
- 大多数蛋白质结合口袋含有可接受共价变化的残留物.
研究的目的:
- 开发一个交互式计算平台,CovalentLab,用于合理的共价连接体设计.
- 将基于联结体和基于弹头的战略集成到统一的工作流中.
- 扩大共价药物发现范围,超越传统的结合点.
主要方法:
- 使用ESM-2与LoRA微调开发了一种共价结合位预测模型.
- 能够根据反应性对九种类别的共价结合残留物进行预测和排名.
- 促进了210个电友性弹头或用户定义的弹头系统地附着在连接剂上.
主要成果:
- 在95个目标中生成了超过10万个共价分子的全面图书馆.
- 成功地将CovalentLab应用于现实世界的目标,识别了经过验证的生物活性化合物.
- 在识别TRK正和GAC全抑制剂方面已证明有效.
结论:
- 协同实验室 (CovalentLab) 为协同药物发现提供了一个多功能,公开可访问的资源.
- 该平台扩大了可使用药物的标,并加速了向共价疗法的开发.
- 弥合了共价药物发现的差距,通过为更广泛的结合部位提供了合理的设计.
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