识别与儿科炎性肠病相关的铁灭基因生物信息学和机器学习方法
Zhen Xu1, Mei Yang2, Chenghao Ou1
1Department of Gastroenterology and Hepatology, Affiliated Hospital of Nantong University, Medical School of Nantong University, Nantong, China.
Frontiers in immunology
|November 28, 2025
概括
新的生物标志物PML和CHAC1显示出早期儿科炎性肠病 (PIBD) 诊断的希望. 这些与ferroptosis相关的基因可以提高诊断准确性,并为PIBD提供新的治疗策略.
科学领域:
- 胃肠病学 胃肠病学
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物标志物发现发现
背景情况:
- 儿童炎症性肠病 (PIBD) 是一个日益关注的诊断挑战.
- 铁,一种依赖于铁的细胞死亡,在PIBD病变发生过程中的作用尚不清楚.
研究的目的:
- 识别与铁死相关的基因,以便早期诊断PIBD.
- 验证这些基因在ferroptosis中的作用.
主要方法:
- 使用生物信息学工具 (DESeq2,WGCNA) 分析了PIBD患者的RNA-seq数据.
- 通过机器学习算法 (LASSO,随机森林,mSVM-RFE) 选诊断基因.
- 用NCM460细胞和体内数据集在体外验证的发现,评估铁亡标志物和免疫透.
主要成果:
- 确定PML和CHAC1是PIBD诊断的高性能生物标志物 (AUC> 0.7).
- 在用LPS治疗的细胞中,抑制PML或CHAC1降低了铁亡.
- 与免疫路径相关的基因; ceRNA网络揭示了调节作用.
结论:
- PML和CHAC1是PIBD的早期诊断生物标志物.
- 研究结果支持改善诊断准确性,并提供了对PIBD免疫微环境和潜在治疗方法的见解.
