基于 R 的工作流程,以使用部分最小平方回归来估计多种果树基因型的冷却需求: Prunus armeniaca L. 案例

科学领域:

• 园艺和植物育种 园艺和植物育种
• 计算生物学 计算生物学
• 农业气候学 农业气候学

背景情况:

• 准确估计冷却需求 (CR) 对于培育适应各种农业气候条件的温带水果树至关重要,特别是随着全球变暖.
• 部分最小平方 (PLS) 回归,利用现象学和温度数据,是确定有效寒冷积累的合适方法.
• 基因型特定的CR数据对于为特定环境选择和育种果树至关重要.

研究的目的:

• 开发和介绍一个基于R的工作流程,用于估计子 (Prunus armeniaca L.) 苗木的基因型特定冷却要求 (CR).
• 为了使用"chillR"包和PLS回归进行准确的CR评估.
• 为下游应用程序 (如QTL映射和基因型选择) 生成标准化的数据集.

主要方法:

• 基于R的工作流程是使用R的"chillR"包开发的.
• 使用了长期的现象学观测和温度记录.
• 部分最小平方 (PLS) 回归被整合到两个后代的282个杏子幼苗的基因型特定CR估计.

主要成果:

• 工作流成功地确定了子幼苗的基因型特定CR.
• 创建了标准化CR数据集,适合QTL映射和繁殖.
• 基于R的工作流简化了CR估计,减少了所需的时间和专业知识.

结论:

• 开发的基于R的工作流提供了一个高效且易于使用的工具,用于估计基因型特定的冷却需求.
• 这种方法支持明智的育种决策,并加速温带水果树的遗传研究.
• 工作流程和数据是公开可用的,促进在温带水果物种中更广泛的应用.