使用ATAC-seq和RNA-seq对IFN-γ原始化人类巨细胞中JAK抑制剂敏感性的转录和表观基因组分析协议
Geunho Kwon1, Junho Noh1, Jaehyun Lee1
1Department of Biological Sciences and Biotechnology, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Republic of Korea.
STAR protocols
|November 28, 2025
概括
这项研究引入了一个结合转录和表观基因组数据的协议,以了解巨细胞中Janus激酶 (JAK) 抑制剂的敏感性. 该方法整合了通过测序 (ATAC-seq) 和RNA测序 (RNA-seq) 来检测转化酶可访问的染色质的测定,以揭示调节机制.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 干扰素- (IFN-γ) 启动人体巨细胞,影响它们对雅努斯酶 (JAK) 抑制剂的反应.
- 了解JAK抑制剂敏感性对于治疗炎症性疾病至关重要.
- 转录基因和表观基因数据为细胞反应提供了互补的见解.
研究的目的:
- 提出一项用于整合转录组和表观组数据的协议.
- 分析IFN-γ原始的人类巨细胞中JAK抑制剂的敏感性.
- 确定控制JAK抑制剂反应的表观基因调节机制.
主要方法:
- 运用了用于表观基因分析的转化酶可访问染色质的测定方法,使用测序 (ATAC-seq) 来进行表观基因分析.
- 使用RNA测序 (RNA-seq) 进行转录基因分析.
- 开发了整合ATAC-seq和RNA-seq数据的系统方法,包括差异性可访问性和转录因子基因丰富分析.
主要成果:
- 该协议可以生成和分析ATAC-seq数据.
- 进行了差异可访问性和转录因子丰富.
- ATAC-seq与RNA-seq数据的成功整合得到了实现.
- 鉴定了基因表观调节机制,这些机制是JAK抑制剂差异性敏感性的基础.
结论:
- 提出的协议为整合多原子数据提供了一个强大的框架.
- 这种方法增强了对巨细胞中JAK抑制剂敏感性的理解.
- 这些发现有助于开发针对炎症状况的向疗法.
