使用元基因组学和全基因组测序来描述非洲各种来源的肠道病原体

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 食物传播疾病 (FBDs) 构成了重大的公共卫生挑战,特别是在低收入和中等收入国家 (LMICs).
• 在全球范围内,非洲地区承受着不成比例的FBD负担.
• 目前的监测经常忽视农村和资源有限的地区,阻碍了对病原体传播动态的理解.

研究的目的:

• 在四个非洲LMIC中使用全基因组测序 (WGS) 和元基因组学来描述肠道病原体.
• 研究病原体的多样性,丰富性和人类,动物和环境来源的传播途径.
• 在资源有限的监视环境中评估元基因组测序的实用性.

主要方法:

• 380个细菌分离物的全基因组测序 (WGS) (沙门氏菌,西格拉菌,大肠杆菌,坎比洛巴克特菌).
• 对139个环境和食物链样本进行了元基因组学分析.
• 遗传学和基因型分析以比较病原体基因组并确定传播链接.

主要成果:

• 随着时间的推移观察到的食物传播病原体的地理稳定分布,表明持续的影响因素.
• 基因组数据揭示了与不同来源 (人类,动物,环境) 和地区密切相关的病原体分离物.
• 超基因组测序为病原体的丰富性和多样性提供了实用的见解.

结论:

• 纳入环境和食物链采样可以加强LMICs的FBD监测策略.
• 甲基因组测序是一种有价值和可行的工具,可以补充WGS用于资源有限的环境中的病原体监测.
• 了解病原体的维持需要解决持久的生态或基础设施因素.