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Updated: Jan 10, 2026
10:15
Capturing Chromosome Conformation Across Length Scales
Published on: January 20, 2023
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用于生成FACS隔离的线粒细胞的低输入Hi-C测序库的协议
Ashley Nichols1, Eralda Salataj2, Yujin Choi2
1Molecular Biology Program, Sloan Kettering Institute, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY 10065, USA.
STAR protocols
|November 29, 2025
概括
这项研究介绍了一种使用光激活细胞分类 (FACS) 的线粒细胞低输入Hi-C库的协议. 这种方法可以在线粒细胞中进行染色体构成研究,并通过高通量染色体捕获.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 高通量染色体构造捕获 (Hi-C) 对于理解3D基因组架构至关重要.
- 研究线粒细胞中的染色质构成,由于细胞周期阶段存在独特的挑战.
研究的目的:
- 开发和介绍一个详细的协议,专门从线粒细胞准备低输入的Hi-C库.
- 通过光激活细胞分类 (FACS) 能够对在线分裂期间的染色质构成进行研究.
主要方法:
- 转基因停止,细胞收获和培养细胞的固定.
- 用抗菌素蛋白标记物 (MPM2) 染色用于细胞识别.
- 通过FACS和随后的低输入Hi-C库准备分离线粒细胞.
主要成果:
- 这是一个强大的协议,用于从有限的线粒细胞群中获得高质量的Hi-C数据.
- 成功地应用FACS来隔离适合Hi-C分析的线粒细胞.
- 量化输入DNA和准备绑定Hi-C库的详细程序.
结论:
- 提出的协议有助于研究线粒细胞中的3D基因组组织.
- 这种方法扩大了Hi-C对细胞周期特定基因组架构调查的实用性.
- 该协议对于研究动态基因组结构的研究人员来说是一个宝贵的资源.
