微生物组和转录组信息的整合有助于诊断结直肠癌
Zhenyi He1, Wenchuan Zhu2, Yunjun Zeng2
1Medical School, Kunming University of Science and Technology, Kunming, China.
Discover oncology
|November 29, 2025
概括
整合微生物组和转录组分析显示出诊断结直肠腺癌 (COAD) 和预测其进展的前景. 这种多学科的方法可以识别关键的生物标志物,并提高这种常见癌症的诊断准确度.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 微生物组研究 微生物组研究
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 结肠直肠癌 (CRC) 是一个重大的全球健康挑战.
- 在2018年,报告有超过180万个新病例和881,000例死亡.
- 早期诊断和预后评估对于有效的CRC管理至关重要.
研究的目的:
- 研究微生物组和转录组分析用于结直肠腺癌 (COAD) 诊断的整合.
- 为了确定COAD的新型癌症生物标志物.
- 为了预测COAD患者的疾病进展.
主要方法:
- 使用了癌症基因组图谱 (TCGA) COAD 转录组和微生物组数据.
- 进行多样性和差异表达分析,以比较原发性瘤 (PT) 和固体组织正常 (STN) 样本.
- 采用调解分析来探索微生物组 - 转录组相互作用,并使用多奥米克图卷积网 (MOGONET) 来进行瘤预测.
主要成果:
- 鉴定了与COAD发展相关的微生物组合和mRNA表达模式的显著变化.
- 发现Simplex病毒属可以调解BRAF转录的丰富性,影响COAD风险.
- 在MOGONET模型中,COAD瘤的预测准确度高 (0.977准确度,0.988F1得分,1.0AUROC).
结论:
- 综合微生物组和转录组分析对COAD诊断和预后评估具有重大潜力.
- 这些发现为未来的临床应用和癌症治疗中的治疗策略提供了宝贵的见解.
