为Visium空间转录学处理矿化组织的实用协议

科学领域:

• 生物技术是生物技术.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 矿物化组织的空间转录组因脱过程中RNA降解而具有挑战性.
• 传统的EDTA脱协议是漫长的,并损害RNA完整性.
• 需要改进的方法来进行高分辨率的基因表达分析.

研究的目的:

• 使用10x Genomics Visium开发和验证一个优化的协议,用于矿物化组织的空间转录学.
• 为了提高RNA保存和转录捕获效率在骨和骨折样本.
• 克服分析骨组织基因表达的预分析性局限性.

主要方法:

• 用莫尔斯溶液取代EDTA脱,以快速处理 (<24小时).
• 使用了SCHOTT NEXTERION® Slide H (3-D水凝涂层) 来增强脆弱骨段的粘附性.
• 将该协议应用于完整和骨折的小鼠大腿骨,用于空间转录组学分析.

主要成果:

• 莫尔斯的溶液使得快速脱,同时保持RNA质量 (有利的DV200值).
• 优化的协议显著提高了Visium V2和Visium HD平台的转录捕获效率.
• 视觉V2的平均值为5639个基因/点;视觉HD的平均值为170个基因/8μm bin.

结论:

• 开发的协议有效地克服了矿化组织空间转录学的主要预分析障碍.
• 这种方法可以实现骨的高分辨率空间转录基因分析,并提高数据质量.
• 优化的工作流程可以更深入地了解骨组织的分子格局.