在目标下一代测序中对虚假阳性和虚假阴性错误的评估
Youngbeen Moon1, Young-Ho Kim2, Jong-Kwang Kim1
1Bioinformatics Analysis Team, Research Core Center, Research Institute, National Cancer Center, Goyang, Gyeonggi‑do, Republic of Korea.
Genome biology
|December 2, 2025
概括
下一代测序 (NGS) 在经过认证的提供商中显示了显著的精度变化. 标准化分析管道对于可靠的临床诊断至关重要,特别是用于检测癌症变体.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 下一代测序 (NGS) 对于疾病诊断至关重要.
- 测序和分析错误阻碍了临床使用,特别是在癌症诊断中,因为瘤异质性导致低水平的体质变异.
研究的目的:
- 评估跨认证提供商和分析管道的目标下一代测序 (T-NGS) 的性能变化.
- 确定导致T-NGS灵敏度差异和假阳性 (FP) 错误率的因素.
主要方法:
- 使用了基准标准的DNA混合物,含有不同比例的同胞卵液状分子和异胞卵血DNA.
- 通过认证供应商使用T-NGS分析样本,并比较不同的分析管道 (DRAGEN,BWA+GATK Mutect2,内部).
- 使用单基扩展测试验验证了不一致的变异调用.
主要成果:
- 在提供商和管道之间观察到分析灵敏度 (高达13.9倍) 和FP错误率 (高达615倍) 的显著变化.
- 确定了重复的FP易受影响的等位基因,作为特定管道中FP总错误的主要贡献者.
- 与DRAGEN相比,传统管道 (BWA+GATK Mutect2) 显示FP错误增加,尽管敏感度相似.
结论:
- 经过认证的T-NGS提供商在灵敏度和FP错误率方面表现出相当大的变化.
- 传统的分析管道增加了FP错误,并积累了反复出现的FP容易发生的等位基因.
- 标准化管道和严格的质量控制对于可靠的临床T-NGS诊断至关重要.


