伤寒微生物:快速准确的血统识别和抗菌素耐药性基因定型,直接从伤寒热病原体沙门氏菌的序列读取得到

科学领域:

• 基因组监测是指基因组的监测.
• 微生物基因组学 微生物基因组学
• 生物信息学工具 生物信息学工具

背景情况:

• 由于沙门氏菌 (Salmonella enterica serovar Typhi (Typhi)) 引起的伤寒热,每年导致1000万例疾病.
• 有效的控制需要预防和抗菌素治疗,但抗菌素耐药性Typhi是一个越来越令人担忧的问题.
• 对Typhi血统和AMR决定因素的基因组监测为治疗指南和疫苗接种策略提供了信息.

研究的目的:

• 介绍Typhi Mykrobe,一个命令行软件工具,用于Typhi的快速基因定型.
• 为了实现对测序的直接分析,可以读取血统,AMR决定因素和等离子体复制品.
• 为Illumina和牛津纳米孔技术 (ONT) 测序数据提供一个验证的工具.

主要方法:

• 开发Typhi Mykrobe,一个用于直接读取分析的命令行工具.
• 对Illumina和ONT数据的已建立的读取映射和基于组装的方法进行验证.
• 预测的抗微生物耐药性表型与实验室衍生的最小抑制度 (MIC) 数据的比较.

主要成果:

• 泰菲菌根病毒与使用Illumina数据进行血统基因定型的现有方法具有很高的一致性 (99.8%).
• 与基于组装的方法相比,在AMR和等离子体决定性检测方面实现了99.9%的一致性.
• 预测和观察到的抗微生物耐药性表型之间显示出强烈一致 (>99%).
• 在Illumina和ONT读取分析之间观察到高一致性 (>96%).

结论:

• Typhi Mykrobe 提供了来自 Illumina 和 ONT 阅读的 Typhi 基因组的快速和敏感的基因组定型.
• 该工具准确地分配了GenoTyphi血统,检测了AMR决定因素,预测了表型,并识别了等离子体复制品.
• 伤寒菌是基因组监测的一个有价值的工具,用于指导针对伤寒热的公共卫生干预措施.