m6AConquer:对N6-甲基氨酸 (m6A) 表转录组的一致量化和正向验证的数据库
Xichen Zhao1,2, Haokai Ye1,2, Dan He1
1Department of Biosciences and Bioinformatics, Xi'an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou 215123, China.
Nucleic acids research
|December 2, 2025
概括
m6AConquer通过重新处理原始测序输出来标准化N6-甲基氨酸 (m6A) RNA修饰数据. 这个可重复的数据库提供了验证的m6A站点和生物和医学研究的多omics数据.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- N6-甲基氨酸 (m6A) RNA修饰对细胞功能至关重要,其失调与人类疾病有关.
- 现有的m6A数据库汇总了预处理的数据,导致不一致性和特定技术的偏见.
- 整合多样化的m6A测序数据是具有挑战性的,因为不同的方法和处理管道.
研究的目的:
- 为了开发一个标准化的数据库,m6AConquer,基于可重复量化的原始m6A测序数据.
- 通过采用严格,一致的数据处理管道来克服现有数据库的局限性.
- 为探索m6A在生物学和医学中的作用提供一个全面的资源.
主要方法:
- 从10种不同的m6A分析方法系统地重新处理原始测序数据.
- 使用体外转录 (IVT) 控制器进行统一的现场调用和假阳性校准.
- 在技术上不同的方法中对m6A站点进行正交线验证,使用基于可重现性的框架.
主要成果:
- 在人类和小鼠基因组的数百万个共识地点量化m6A甲基化.
- 在人类中识别了超过135,300个正交验证的m6A位点 (IDR<0.05).
- 整合m6A数据与匹配的多omics数据集 (基因表达,拼接,变异) 并识别m6A定量特征位置 (m6A QTLs).
结论:
- m6AConquer提供了一个标准化,分析准备的资源,用于对m6A修改进行严格的探索.
- 该数据库促进了RNA修饰,遗传调节和疾病之间的联系.
- m6AConquer提供直观的查询工具,交互式可视化和可下载数据,可以访问https://rnamd.org/m6aconquer/.
