高通量无标签单细胞蛋白质学,通过多列纳米LC实现,周期时间为5分钟
Chao Wang1, Hsien-Jung L Lin1, Siqi Huang1
1Department of Chemistry and Biochemistry, Brigham Young University, Provo, Utah 84602, United States.
Research square
|December 3, 2025
概括
一个新的多列纳米LC-MS平台通过将运行时间缩短到5分钟,实现高通量单细胞蛋白质组学 (SCP). 这一突破使得每项研究可以分析成千上万的细胞,提供了深入的蛋白质组覆盖和生物洞察力.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 基于质谱 (MS) 的单细胞蛋白质组学 (SCP) 提供了高分辨率的蛋白质组分析.
- 目前的nanoLC-MS工作流程由于长的分离梯度而具有较低的吞吐量.
- 这限制了SCP在大规模研究中的应用.
研究的目的:
- 为SCP开发一个高通量多列纳米LC-MS平台.
- 为了在单个研究中分析成千上万个单细胞.
- 为了保持深层的蛋白质组覆盖和生物解释性.
主要方法:
- 实施一个多列纳米LC-MS系统,具有5分钟的分离窗口.
- 运行在~100nL/分钟流速下,使用100%的工作周期.
- 分析了4000多个样本,包括RAW264.7巨细胞.
主要成果:
- 每天达到288个单细胞的吞吐量 (SPD).
- 确定了每单个HeLa细胞约3,200种蛋白质,与较长梯度方法相比.
- 在6000多种蛋白质和显著的细胞蛋白质中证明了精确的量化.
- 揭示了LPS诱导的标记物和巨细胞激活通路.
结论:
- 开发的平台是强大的,可扩展的,适合高吞吐量SCP.
- 能够在一个研究中进行数千次单细胞分析.
- 保持深层蛋白质覆盖和生物解释性用于细胞异质性研究.
