CPRCSdb:一个全面的表型相关的单细胞转录基因数据库,用于人类癌症
Yizhen Gong1,2, Yuxiang Yan1,3, Zhaomeng Liu1,2
1The First Affiliated Hospital, Cardiovascular Lab of Big Data and Imaging Artificial Intelligence, Hengyang Medical School, University of South China, Hengyang, Hunan 421001, China.
Computational and structural biotechnology journal
|December 3, 2025
概括
一个新的数据库,CPRCSdb,将单细胞RNA测序数据与临床癌症表型联系起来. 本资源有助于理解瘤异质性及其对患者结果和治疗反应的影响.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 提供了对瘤微环境细胞异质性的高分辨率见解.
- 细胞异质性显著影响临床结果,如生存,转移和治疗反应.
- 在数据库中存在一个与临床表型相关联的scRNA-seq数据的空白.
研究的目的:
- 开发CPRCSdb,一个全面的数据库,将临床表型与单细胞转录组数据集成在一起.
- 提供一个资源,将细胞异质性与临床相关的癌症表型联系起来.
- 促进对瘤发生和癌症进展机制的研究.
主要方法:
- 整合了1053个手工精选的scRNA-seq样本 (超过405万个细胞) 和101个数据集.
- 包括29种癌症类型的11,032个大量RNA-seq样本.
- 分析了大量表型和单细胞异质性之间的6197个关联,涵盖了5种疾病和30种药物反应类别.
主要成果:
- CPRCSdb包含了大量关于多种癌症类型和临床表型中的细胞异质性的数据.
- 通过严格的质量控制确定了超过1130万个临床相关的细胞.
- 该数据库支持下游分析,如差异表达和细胞间通信.
结论:
- CPRCSdb是研究细胞异质性在癌症中的作用的宝贵资源.
- 促进研究,将分子数据与临床结果和治疗反应联系起来.
- 旨在推进对癌症生物学的理解,并为治疗策略提供信息.
更多相关视频
07:47Author Spotlight: Unveiling Transmembrane Protein Family-Related Markers in Gastric Cancer and Implications for Targeted Therapies
Published on: September 15, 2023
2.1K
09:01Cancer-Associated Fibroblasts from Mouse Mammary Tumors as Tools for Molecular and Computational Studies
Published on: July 3, 2025
817
