基于全基因组测序的分析方法的比较,用于MALDI-TOF MS未分类的分离物的分类学分类
Sarah Mollerup1, Sarah Juel Paulsen1, Michael Pedersen1
1Department of Clinical Microbiology, Copenhagen University Hospital - Amager and Hvidovre, 2650 Hvidovre,Copenhagen, Denmark.
这项研究比较了全基因组测序方法,以确定难以临床分离的临床分离. 当其他方法失败时,基因组分类学数据库工具包 (GTDB-Tk) 证明是分类学赋值的最准确方法.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 准确的临床分离物分类识别对于患者护理至关重要.
- 矩阵辅助激光吸附离子化飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 是标准的,但对一些物种来说具有挑战性.
- 全基因组测序 (WGS) 为难以识别的分离物提供了更深入的方法.
研究的目的:
- 为了比较各种基于WGS的分类学赋值工具的性能.
- 评估基于组装和基于阅读的分类方法,以对具有挑战性的临床分离进行评估.
- 确定最可靠的生物信息学工具,用于准确的隔离分类.
主要方法:
- 57个临床分离体经历了全基因组测序和新组装.
- 基于组装的分类使用了基因组分类数据库工具包 (GTDB-Tk),BLAST,TYGS和rMLST.
- 基于阅读的分类使用了MetaPhlAn4和Kraken2.
主要成果:
- 所有基于组装的工具都一致识别了32个隔离物.
- 25个单元显示出不同的分配,GTDB-Tk显示出卓越的准确性.
- 在基于阅读的分类器中,MetaPhlAn4的表现优于Kraken2.
结论:
- GTDB-Tk是对具有挑战性的临床隔离物的分类学分配最有效的工具.
- 分类中的差异往往来自数据库的局限性或不可靠的16S rRNA基因数据.
- 使用WGS分析,特别是GTDB-Tk,可以提高微生物识别的准确性.
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