FNatPred:一种数据驱动的方法,用于区分NAT和瘤之间的真菌微生物群
IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
|December 3, 2025
概括
一个新的模型有效地区分瘤中的真菌微生物群与正常邻近组织 (NAT),有助于早期癌症检测. 这一进步改善了对真菌在人类致癌过程中的作用的分析,特别是在结直肠癌 (CRC) 中.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 菌微生物群在人类致癌过程中的作用在很大程度上是未知的.
- 正常的邻近组织 (NAT) 可能代表癌症发展的中间状态.
- 区分瘤和NAT之间的真菌概况至关重要,但由于高度相似,具有挑战性.
研究的目的:
- 开发一种可靠的方法来区分瘤和正常邻近组织 (NAT) 之间的真菌组成概况.
- 通过分析真菌生物组差异来提高早期癌症检测.
- 阐明真菌在瘤发生过程中的参与.
主要方法:
- 使用随机森林基础分类器开发了一种两级集合歧视模型.
- 根据流行率,丰度和质量对真菌微生物群数据进行了严格的过.
- 利用元级分类器来整合基础预测,将稀疏数据转化为密集的表示.
主要成果:
- 在各种癌症类型中实现了瘤和NAT菌生体的清晰分离.
- 在结直肠癌 (CRC) 中表现出特别强烈的歧视.
- 超越现有方法,在瘤-NAT分类中平均AUC改善约10%.
结论:
- 开发的整体模型有效地将瘤与NAT菌生体区分开来.
- 这种方法为分析真菌参与癌症的方法提供了显著的改进.
- 这些发现支持了真菌生物组分析用于早期癌症检测和理解瘤发生的潜力.
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