滑动WS:对对接精度和虚拟选的方法和初始性能评估

科学领域:

• 计算化学是一种计算化学.
• 药物发现 药物发现
• 分子建模分子建模

背景情况:

• 越来越多的人对用于药物发现的虚拟查感兴趣.
• 需要高性能方法来识别针对挑战性目标的新型命中.
• 在体位预测和虚拟查丰富方面,现有方法的局限性.

研究的目的:

• 介绍Glide WS,一种新的虚拟选方法.
• 通过结合明确的水表征来改进现有方法,如Glide SP.
• 提高姿势预测的准确性和用于药物发现的虚拟查丰富性.

主要方法:

• 开发了Glide WS,这是一个用于高通量对接的经验评分函数.
• 嵌入了水结构和动态的明确表示.
• 使用绝对约束自由能量扰动计算 (ABFEP) 调整了评分函数.

主要成果:

• 滑动WS实现了92%的自动对接精度,超过了滑动SP (85%).
• 在38个不同的目标中显著改善了虚拟查丰富度.
• 与Glide SP相比,根据ABFEP的验证,减少了得分差的诱数量.

结论:

• 滑动WS在姿势预测和虚拟查丰富方面提供了实质性的收益.
• 水的显式建模提高了用于药物发现的虚拟查的可靠性.
• 预计Glide WS将在实用的虚拟选应用中产生更高的命中率,而不是刚性受体对接.