对18S,ITS1和ITS2原料进行了多标志物比较分析,用于人类肠道菌群的分析

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 肠道真菌对人类健康至关重要,它们的概况正在进步.
• 目前用于肠道菌群分析的方法在分类分辨率上存在局限性,原因是核糖体DNA标记区域和原始组合的变化.
• 不同的原料组合对肠道菌群简介的确切影响仍未得到充分定义.

研究的目的:

• 调查三个向测序区域 (ITS1,ITS2和18SrRNA) 的性能,以进行肠道菌群的分析.
• 评估这些地区单独和组合的有效性,用于分类学解析和生物标志物检测.
• 评估多标志物策略对健康和患病个体的肠道真菌分析的实用性.

主要方法:

• 从健康人群和癌症患者的便样本使用基于amplicon的测序来分析.
• 使用USEARCH将质量过的读数处理为操作分类单位 (OTU),并使用SILVA (18S) 和UNITE (ITS) 数据库进行分类.
• 生物信息分析包括多样性评估,主要成分分析 (PCA) 和使用LEfSe和ALDEx2与CLR转换的生物标志物检测.

主要成果:

• 与18S rRNA (58个OTU) 相比,ITS2和ITS1原料表现出优越的分类覆盖 (183个OTU和158个OTU).
• ITS1-ITS2-18S的组合产生了最高的真菌丰富度,而ITS1-ITS2的组合改善了群体歧视,揭示了*Candida albicans*的丰富和*Penicillium sp.的稀缺. * 在癌症患者中.
• 多标记者策略,特别是ITS1和ITS2的整合,在分类覆盖和生物标记者检测灵敏度方面超过了单标记者方法,特别是在低生物质样本中.

结论:

• ITS1和ITS2测序的组合为肠道真菌组成和动态提供了宝贵的见解,有助于理解肠道平衡和与癌症相关的微生物转变.
• 与传统的单一标记方法相比,集成原始数据集的多标记方法提供了增强的分类学覆盖范围和生物标记检测灵敏度.
• 这项研究为未来的肠道菌群研究奠定了可靠的基础,有可能导致基于微生物组资料的改善诊断和治疗.