单细胞分析确定了与M1/M2范式不同的炎症和组织重塑瘤相关的巨细胞

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 与瘤相关的巨细胞 (TAMs) 在癌症进展和患者结局中起着复杂的作用.
• 使用单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 的现有研究表明,TAM具有显著的异质性,但尚未完全理解.
• 传统的M1/M2巨细胞极化分类可能无法充分捕捉TAM多样性.

研究的目的:

• 通过对scRNA-seq数据的公正,综合分析来描述乳腺癌 (BRCA) 中的TAM异质性.
• 识别不同的TAM子集及其功能配置文件.
• 调查已识别的TAM子集对患者生存的临床相关性.

主要方法:

• 从BRCA患者和健康个体获得的公开可用的scRNA-seq数据集的in silico分析.
• 整合来自血液,瘤和非瘤乳腺组织的数据.
• 对TAM子集的转录签名的识别和表征.

主要成果:

• 确定了具有独特功能特征的七个不同的TAM子集,包括干扰素反应,清理和矩阵重塑.
• 没有一个被确定的子集与M1/M2巨细胞极化模型相对应.
• 与干扰素相关的基因特征在血液单细胞中更加丰富,而组织修复特征在组织寄存的巨细胞中更为普遍.
• 与组织修复性TAM相比,具有干扰素相关基因的TAM在BRCA队列中显示出更好的生存率.
• 一个签名在BRCA患者的外围单细胞中升高,在试点研究中得到验证.

结论:

• 已识别的转录特征提供了一个更准确的描述TAM异质性在乳腺癌.
• TAM子集表现出不同的功能特征和起源 (单细胞衍生与组织居民).
• 干扰素应答TAM可能代表乳腺癌中有利的预后生物标志物.