ViromeXplore:用于完整和可复制的病毒体表征的整合性工作流程
Rodrigo Hernández-Velázquez1, Michal Ziemski1, Nicholas A Bokulich1
1Department of Health Sciences and Technology, ETH Zurich, Rämistrasse 101, 8092 Zurich, Switzerland.
Briefings in bioinformatics
|December 5, 2025
概括
ViromeXplore提供了一个模块化的Nextflow框架,用于高效的病毒基因组 (病毒组) 分析. 该工具通过整合先进的生物信息学方法来增强病毒生态学的研究,以进行可复制和可扩展的病毒体探索.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 病毒显著影响微生物群落和生物地化学循环.
- 病毒的遗传多样性是巨大的,但仍然在很大程度上未被探索.
- 目前的病毒基因组 (病毒组) 分析工作流程缺乏模块化和集成.
研究的目的:
- 介绍ViromeXplore,这是一个模块化Nextflow框架,用于高效的病毒组分析.
- 为病毒转基因组学提供可扩展,用户友好和计算效率高的解决方案.
- 通过改进数据分析,提高对病毒生态学的理解.
主要方法:
- 开发了用于病毒组分析的模块化Nextflow工作流.
- 包含用于污染估计,病毒识别,分类学分配,功能注释和宿主预测的工具.
- 使用Docker和Singularity进行容器化,确保可重复性和易于部署.
- 提供与QIIME 2和MOSHPIT的可选集成,以提高互操作性.
主要成果:
- ViromeXplore提供了一个全面的工具套件,用于深入的病毒组分析.
- 优化计算资源的利用,以有效处理病毒元基因组数据.
- 通过集装箱,确保可复制性和易于部署.
- 促进与现有微生物组分析平台的无集成.
结论:
- 维罗姆Xplore显著增强病毒转基因组分析能力.
- 该框架有助于更深入地了解病毒生态和功能.
- 病毒Xplore促进可重现和可扩展的病毒学研究.
