在基于纳米粒子的血蛋白质组学中对血液污染的系统评估
Huanhuan Gao1,2,3, Yuecheng Zhan4, Yuanqi Liu5
1Westlake Center for Intelligent Proteomics, State Key Laboratory of Medical Proteomics, Westlake Laboratory of Life Sciences and Biomedicine, Hangzhou, Zhejiang Province, China.
EMBO molecular medicine
|December 5, 2025
概括
基于纳米粒子的血蛋白质组学可以通过评估污染来改进. 这项研究介绍了OmniProt和Baize软件,以准确识别和量化蛋白质,增强生物标志物发现.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物标志物发现发现
- 纳米技术纳米技术
背景情况:
- 循环血液蛋白质学提供了最少侵入性的生物标志物发现.
- 之前使用基于纳米粒子的等离子体蛋白质组学的研究报告了不同的蛋白质识别数字 (2000-7000),关于较高蛋白质计数的模糊性更具信息性.
研究的目的:
- 为等离子体蛋白质组学开发一个基于纳米粒子的优化工作流程.
- 评估污染对蛋白质识别和量化的影响.
- 引入一种软件工具,用于对基于纳米粒子的等离子体蛋白质学进行污染评估.
主要方法:
- 开发OmniProt,一个-纳米粒子工作流程,对纳米粒子类型和蛋白质冠状元件进行系统评估.
- 为10,109个蛋白质组创建一个天体光谱库.
- 使用具有高吞吐量 (60个样本/天) 的Astral用于等离子体蛋白质组学.
- 控制污染实验,以确定污染生物标志物.
- 开发用于污染评估的开放访问 Baize 软件.
- 在193名患有肺癌或良性结节的患者中验证管道.
主要成果:
- OmniProt从人体血中确定了3000到6000个蛋白质组.
- 发现与血小板,红细胞和凝血相关的污染会人工膨胀蛋白质识别并损害量化准确性.
- 已经确定了污染的生物标志物.
- 贝兹软件成功标记了患者队列中的五个受污染的样本.
结论:
- 污染显著改变了基于纳米粒子的等离子体蛋白质学中的蛋白质识别和量化.
- 开发的OmniProt工作流和Baize软件为污染评估提供了强大的方法,提高了从等离子体蛋白质组学数据中发现生物标志物的可靠性.
