可转移元素的广泛水平转移塑造了真菌的移动体
Josje Romeijn1, Iñigo Bañales2, Michael F Seidl1
1Theoretical Biology and Bioinformatics, Department of Biology, Utrecht University, 3584 CH Utrecht, Netherlands.
可转移元素 (HTT) 的水平转移在真菌中很普遍,对它们的基因组进化做出了重大贡献. 具有较少防御和更重复的DNA的真菌基因组经历了更多的HTT,揭示了塑造转子子动态的关键因素.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
背景情况:
- 转子子会影响真核生物的基因组大小和进化.
- 可转移元素 (HTT) 的水平转移对于转移子的持久性至关重要,但在动物以外的研究不足.
- 菌表现出由转子子驱动的显著基因组大小变异.
研究的目的:
- 调查HTT在真菌生物多样性的流行,影响和塑造因素.
- 了解HTTs在真菌基因组进化和转子子动态中的作用.
主要方法:
- 选了1348个代表生物多样性,基因组大小和生活方式的真菌基因组.
- 检测并量化了独立的HTT,重点是Tc1/Mariner DNA转位子.
- 分析了HTTs与真菌特异性防御机制,基因组组特征和家族遗传关系之间的相关性.
主要成果:
- 在真菌中检测到广泛的HTT,平均贡献7%的转子子含量,在某些种群中高达70%.
- 确定了超过5,906个独立的HTT,主要涉及TC1/Mariner元素.
- 在Mucoromycotina,Sordariomycetes,Dothideomycetes和Leotiomycetes中发现HTTs更为常见.
- 证明缺乏转子体防御的物种和具有稀疏基因,重复丰富基因组的物种表现出明显更高的HTT率.
结论:
- HTT是塑造真菌基因组内容和进化的重要力量.
- 特定于真菌的防御机制和基因组架构是影响HTT速率的关键因素.
- 这项研究为了解转子子动力学及其对超越动物的真核生物基因组进化影响提供了一个框架.
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