婴儿病原体检测中的元基因组下一代测序的道选择:一个多中心的横截面研究

科学领域:

• 医学诊断 医学诊断 医学诊断
• 基因组学就是基因组学.
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 新生儿传染病带来了显著的发病风险.
• 目前的诊断方法,如血液培养,是缓慢的,缺乏灵敏度.
• 生物标志物如C反应蛋白 (CRP) 和前素有助于初步评估.

研究的目的:

• 为了比较不同元基因组下一代测序 (mNGS) 测试通道的诊断性能.
• 评估mNGS通道在各种临床样本类型 (周围血液,唾液,支气管支气管洗液) 的疗效.
• 确定最佳的mNGS策略,以改善传染病诊断.

主要方法:

• 894个临床样本的回顾性分析.
• 使用仅使用DNA,仅使用RNA和组合DNA+RNA通道的mNGS检测率的比较.
• 结果按样本类型分层:周围血液,唾液和支气管支气管洗液.

主要成果:

• 整体mNGS阳性率为51.9%,而道之间没有显著差异 (仅DNA为50.8%,仅RNA为55.7%,组合为49.6%).
• 支气管膜洗液呈现出最高的阳性 (84.57%),在双通道测试中增加到97.33%.
• 只有DNA的外周血液阳性是最高的 (45.34%),而吐显示双通道检测 (82.35%) 的检测有所改善.

结论:

• 对于最佳的诊断准确性,mNGS通道的选择应根据具体的样本类型进行量身定制.
• 双通道mNGS对呼吸道样本,如支气管支气管洗液和液非常有效.
• 只有DNA的mNGS可能更适合外围血液样本,以最大限度地检测病原体.