基于全基因组测序的病原体表征,直接从阳性血液培养样本中对链球菌感染进行表征

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 临床实验室越来越多地使用对阳性血液培养的直接诊断测试,可能减少细菌隔离物回收.
• 公共卫生实验室需要病原体特征 (例如,疫苗血型,基因组相关性) 进行监测和疫情应对,往往需要隔离提交.
• 全基因组测序 (WGS) 是公共卫生微生物学中病原体检测和表征的强大工具.

研究的目的:

• 评估血液培养 (dWGS) 试验的直接全基因组测序,以表征链球菌病原体.
• 将dWGS结果与参考方法 (WGS分离物) 进行比较,以确定病原体特征和基因组组合的一致性.
• 在不断变化的临床实验室实践的背景下,评估dWGS对公共卫生监测和疫情应对的有用性.

主要方法:

• 从血液培养 (dWGS) 测试中开发了一种直接的全基因组测序,并应用于阳性血培养样本中,该样本对链球菌病原体呈阳性.
• 在97个符合条件的血液培养样本上进行了dWGS测定.
• 从dWGS的结果与参考方法进行了比较,该方法涉及来自相同培养的细菌分离物的WGS.

主要成果:

• 在97个样本中,83个 (86%) 符合dWGS质量控制,从655个测试中产生了651个 (99.3%) 可评估的结果.
• 在dWGS和M蛋白基因 (emm) /囊型 (83/83) 和多部位测序型 (81/81) 的参考方法之间观察到100%的一致性.
• 基因型抗菌素敏感性测试预测显示100%一致 (487/487),虚假耐药率为0%,虚假敏感性预测率为0%.

结论:

• 该dWGS试验成功地从阳性血液培养样本中直接提取高质量的链球菌菌株特征.
• dWGS提供了关于疫苗血型,测序类型和抗菌素耐药性预测的准确数据,而不需要单独提交.
• 这种测定对公共卫生实验室来说是一个有前途的工具,它支持在转基因组学和直接样本测试时代的监测和疫情应对.