峰值形式的xcms:现在定了一个完整的代谢学数据预处理和分析软件生态系统
Philippine Louail1,2, Carl Brunius3, Mar Garcia-Aloy4
1Institute for Biomedicine, Eurac Research, 39100 Bolzano, Italy.
Analytical chemistry
|December 8, 2025
概括
在xcms R包提供了增强的可扩展性和互操作性,用于非定向的代谢学数据预处理. 这些进步支持可重复的,大规模的实验,并与更广泛的R/生物导体工具集成.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 高质量的数据预处理对于非目标代谢学至关重要.
- 随着数据规模和复杂性的增加,需要强大的软件解决方案.
- 自2005年以来,xcms R包一直是LC-MS数据预处理的广泛使用的工具.
研究的目的:
- 介绍xcms R包中的最新进展.
- 将xcms定位为模块化代谢学软件生态系统的核心组件.
- 为了突出提高可扩展性和互操作性的改进.
主要方法:
- 使用R编程语言和生物导体框架.
- 实施开源,社区驱动的开发.
- 提高大规模实验的可扩展性.
主要成果:
- xcms 现在为处理数千个样本提供了增强的可扩展性.
- 提高了与下游分析平台和R/生物导体包的互操作性.
- 扩展资源,包括教程和用于用户支持的文档.
结论:
- xcms的进步巩固了它在现代代谢学研究中的作用.
- 该软件包使用户能够构建可定制和可重复的工作流.
- 与更广泛的R生态系统的整合扩展了xcms的实用性.
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