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Updated: Jan 9, 2026
11:26
Sequencing of mRNA from Whole Blood using Nanopore Sequencing
Published on: June 3, 2019
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通过 ex vivo 肺 perfusate 的纳米孔测序来快速检测供体特异性单核酸变异
Haruchika Yamamoto1,2, Jonathan Allen1, Adam Sundby1
1Toronto Lung Transplant Program and Latner Thoracic Research Laboratories, Toronto General Hospital Research Institute, University Health Network, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada.
JHLT open
|December 9, 2025
概括
纳米孔测序可以准确地从无细胞肺 perfusate DNA (cfDNA) 中映射出供体单核酸变异 (SNVs). 这种方法可以精确监测移植受体中来自捐赠者的cfDNA,从而改善移植体健康评估.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 移植医学 移植医学 移植医学
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 来自捐赠者的无细胞DNA (ddcfDNA) 对于监测肺移植健康至关重要.
- 在移植后血液中识别ddcfDNA依赖于捐赠者-接受者单核酸变异 (SNVs).
- 一个限制是先前需要为%ddcfDNA计算绘制捐赠者或接受者的SNV.
研究的目的:
- 为了评估 ex vivo 肺 perfusion 的 Nanopore 测序, perfusate cfDNA 用于绘制捐赠者 SNV 的地图.
- 为了验证纳米孔测序衍生SNV与标准短读全基因组测序 (WGS).
- 用纳米孔识别的SNV来评估%ddcfDNA计算的准确性.
主要方法:
- 从11个临床的ex vivo肺 perfusion perfusate样本中提取cfDNA.
- cfDNA的纳米孔测序,然后进行SNV识别和过.
- 与6个样本的匹配短读WGS数据进行比较,作为黄金标准.
- 使用两种方法识别的SNV计算和比较%ddcfDNA.
主要成果:
- 纳米孔测序提供了4.88x的中位覆盖率,中位错误率为5.55%.
- 对于SNVs来说,获得了高的积极预测值 (在6X覆盖率的中位数为90.3%).
- 纳米孔测序与WGS对%ddcfDNA检测有很强的相关性 (R2 = 0.996).
结论:
- 尽管精度较低,但纳米孔测序可以在过时产生高价值的供体特异性SNV集.
- 这证明了纳米孔测序在创建个性化捐赠者cfDNA地图方面的潜力.
- 能够在术后识别出来自捐赠者的血cfDNA,以改善移植监测.
