2026年的表达图谱:通过社区协作和整合,使公平和开放的表达数据成为可能
Pedro Madrigal1, Anil S Thanki1, Silvie Fexova1
1European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, United Kingdom.
Nucleic acids research
|December 10, 2025
概括
表达图谱是一个全面的基因和蛋白质表达知识库. 它现在包括超过4500项研究,单细胞RNA-seq数据,以及新的分析工具,增强生物发现.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 表达图谱是EMBL-EBI对基因和蛋白质表达数据的关键资源.
- 它涵盖了多种物种,组织,细胞类型和疾病.
研究的目的:
- 详细介绍Expression Atlas最近的扩展和增强的功能.
- 突出新数据类型,分析模块和集成功能.
主要方法:
- 来自67个物种的4500多项研究的数据整合.
- 包括来自21个物种的数百个单细胞RNA-seq实验.
- 开发一种新的标志性基因分析模块,用于大量基线实验.
主要成果:
- 内容和功能大幅扩展.
- 增加蛋白质组学覆盖范围和更新的基因型-组织表达 (GTEx) 概况.
- 集成社区数据集和通过工作流更新增强可复制性.
结论:
- 表达式图谱是一个显著增强的,公平的社区驱动的资源.
- 它通过扩展数据和工具支持基础研究和翻译研究.
- 未来的发展重点是现代化管道和AI-ready数据格式.


