在固体瘤中使用RNA测序精确的RET融合检测覆盖范围不平衡分析
Ivan Gaziev1, Anna Khristichenko2, Daniil Luppov1
1Institute for Personalized Oncology, Biomedical Science & Technology Park, FSAEI HE I.M. Sechenov First Moscow State Medical University of MOH of Russia (Sechenovskiy University), 119991 Moscow, Russia.
International journal of molecular sciences
|December 11, 2025
概括
这项研究引入了一种新的方法,用于检测通过RNA-sequencing (RNA-seq) 异构体覆盖不平衡的转移过程中REarranged (RET) 基因融合. 这种方法实现了100%的准确性,改善了向癌症治疗的识别.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 准确检测瘤基因融合对于向癌症治疗至关重要.
- 目前的IHC,FISH和标准RNA-seq等方法在融合检测的灵敏度,特异性和复合能力方面存在局限性.
- 在各种癌症中,RET融合是临床上可行的目标,但它们的识别是具有挑战性的.
研究的目的:
- 开发和验证一种新的,高度敏感的和特定的方法,用于检测在传染 (RET) 期间发生的临床可操作的REarranged基因融合.
- 评估RNA测序 (RNA-seq) 异构体覆盖不平衡分析在固体瘤中识别RET融合的实用性.
- 发现新的RET融合伙伴和罕见的RET融合事件.
主要方法:
- 开发了一种新的方法来测量RNA-sequencing (RNA-seq) 读取潜在融合瘤基因3'和5'外显子的覆盖率的不平衡.
- 选了1327个固体瘤RNA-seq配置文件,包括非小细胞肺癌和甲状腺癌样本.
- 在特定情况下,RET融合状态使用目标下一代测序 (NGS) 和桑格测序来验证.
主要成果:
- 外覆盖不平衡分析准确地区分了真正和假正的RET融合,通过优化值实现了100%的灵敏度和特异性.
- 在独立队列中的验证证实了该方法的可靠性.
- 在18个RET融合阳性样本中,发现了一种罕见的融合 (RUFY3::RET) 和两种新型的融合 (FN1::RET,PPP1R21::RET).
结论:
- 异构体覆盖不平衡分析是一种强大且高度准确的方法,用于检测临床相关的RET融合.
- 这种方法补充了现有的计算RNA-seq分析管道,提高了可操作的基因融合的识别.
- 这些发现支持该方法在瘤学中指导向治疗决策的临床实用性.


