内微生物群与AP-2表达相关:一个全癌症地图,带有队列特定的预后和分子足迹

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 微生物组研究 微生物组研究
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• AP-2转录因子家族在癌症发展中发挥着关键作用.
• AP-2蛋白和瘤微环境的微生物组成之间的复杂关系在很大程度上是未知的.

研究的目的:

• 为了研究AP-2基因表达和各种癌症类型的内细菌丰富度之间的相关性.
• 确定在癌症患者中具有预后意义的特定AP-2-微生物相互作用.

主要方法:

• 利用癌症基因组图谱 (TCGA) 的转录组数据进行泛癌分析.
• 与细菌属和物种丰度相关的AP-2表达.
• 进行了生存分析,差异表达,共表达和染色体近距离测试.

主要成果:

• 在33种瘤类型中的18种中发现了AP-2成员和微生物群之间的显著相关性.
• 确定了关键对: *Paraburkholderia fungorum* - *TFAP2E* 在上腺皮癌中, *Actinomyces oris* - *TFAP2E* 在扩散的大B细胞淋巴瘤中, *Cutibacterium granulosum* - *TFAP2B* 在胃腺癌中.
• 在不同癌症类型中发现了由AP-2和微生物群驱动的共享和分歧的共识表达程序,有证据表明AP-2在特定队列中与微生物敏感基因紧密结合.

结论:

• AP-2家族成员是瘤微生物与宿主之间的复杂相互作用的潜在调解者.
• 这些发现突出了特定的AP-2-微生物相互作用作为潜在的治疗点和预后生物标志物.