从全血中鉴定结肠直肠癌相关的RNA标记物,使用综合生物信息学分析
Jin Han1, Jung Chul Na1, Tae Il Kim2
1Department of Biomedical Laboratory Science, College of Software and Digital Healthcare Convergence, Yonsei University Mirae Campus, Wonju 26493, Republic of Korea.
International journal of molecular sciences
|December 11, 2025
概括
这项研究开发了一种新的全血RNA特征,用于早期检测结直肠癌 (CRC). 五基因小组在区分CRC患者方面显示出高准确性,为非侵入性查提供了一个有前途的工具.
科学领域:
- 分子诊断学 分子诊断学
- 基因组学和转录基因组学
- 发现癌症生物标志物的发现.
背景情况:
- 目前的结肠直肠癌 (CRC) 查依赖于DNA生物标志物,经常检测晚期瘤.
- 全血转录基因分析通过捕捉系统性免疫反应和瘤与宿主相互作用,提供了一种补充方法.
- 临床验证的全血转录组签名用于早期CRC检测是有限的.
研究的目的:
- 开发和验证基于全血RNA的生物标记签名,用于早期检测结直肠癌 (CRC).
- 建立一个强大的分析框架,用于可复制全血RNA生物标记物的发现.
主要方法:
- 集成的多队列转录基因数据 (GEO数据集 GSE164191,GSE11545) 用于识别差异表达基因 (DEG).
- 应用多层生物过 (PPI网络,GWAS,eQTLs,DigSeE,CoReCG) 来将DEG精制成高可靠性转录 (WB-PAD).
- 在韩国队列中使用RNA-seq和在独立临床队列中使用RT-qPCR (106个CRC,123个对照) 验证了候选人转录.
主要成果:
- 一个五个转录签名 (DLG5,CD177,SH2D1B,NQO2,KRT73) 被识别并验证.
- 在将CRC患者与健康对照区分开来时,该签名实现了0.952的AUC.
- 对于早期的CRC (I-II阶段:AUC 0.929) 保持了高精度,在特定的查门上具有高灵敏度.
结论:
- 建立了一个强大的全血RNA生物标志物发现框架.
- 这五个基因的特征表明了微创性和早期结直肠癌检测的巨大潜力.
- 这种转录组方法为现有的CRC查方法提供了一个有希望的补充策略.
