在癌症基因组中重新评估微生物DNA:解决污染争议

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 全面瘤微生物组的概念正在获得引力.
• 然而,人们对癌症基因组中的微生物DNA信号存在担忧,这些信号可能源于污染.
• 低生物质测序研究特别容易受到人工结果的影响.

研究的目的:

• 批判性地重新评估广泛的瘤微生物组的证据.
• 要区分真正的微生物殖民和癌症基因组中的污染.
• 强调癌症与微生物相互作用研究中需要改进的方法.

主要方法:

• 来自2025年9月出版的"科学翻译医学"杂志的5700多个癌症基因组的分析.
• 对微生物DNA序列数据对人工信号的评估.
• 对有关癌症和微生物关联的现有文献的审查.

主要成果:

• 在癌症基因组中检测到的显著比例的微生物序列被确定为工件,而不是真正的殖民.
• 这一发现支持了早期对低生物质测序中的污染的担忧.
• 然而,在某些癌症中,对于特定的微生物仍然存在确定的关联 (例如,胃癌中的*H. pylori*,结直肠癌中的*F. nucleatum*,宫癌中的HPV).

结论:

• 全球瘤微生物组的概念需要温和的热情,因为广泛的污染.
• 迫切需要标准化,严格的方法,包括负控制和污染意识管道.
• 这次重新评估提供了一个机会,将研究重点放在生物学上可信和临床上相关的癌症-微生物相互作用上.