快速检测VREfm集群:FTIR光谱作为全基因组测序的实际替代方案
Jun Hao Wang-Wang1,2, Laia Soler1, Elisa Martró1,2,3,4
1Microbiology Department, Laboratori Clínic Metropolitana Nord, Germans Trias I Pujol University Hospital, Badalona, Spain.
Open forum infectious diseases
|December 11, 2025
概括
福里埃变换红外光谱法 (FTIR) 为跟踪抗万科胺素抗 Enterococcus faecium (VREfm) 疫情提供了一个快速而实用的替代方案. 这种方法与全基因组测序有很强的一致性,有助于控制感染.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 传染性疾病 传染性疾病
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 抗万科胺素的Enterococcus faecium (VREfm) 是医院感染的主要原因,需要有效的疫情检测.
- 全基因组测序 (WGS) 是基因组相关性的黄金标准,但对于常规临床使用而言是复杂的.
- 更快,更简单的方法对于及时控制VREfm爆发的感染至关重要.
研究的目的:
- 为了评估福里埃变换红外光谱法 (FTIR) 作为VREfm的快速打字方法.
- 为了将FTIR性能与基于WGS的方法 (cgMLST,cgSNP,SKA) 进行比较,用于疫情集群识别.
- 评估FTIR在临床微生物学中的实用性,用于VREfm爆发管理.
主要方法:
- 87个来自第三级医院的VREfm分离物 (2020年4月至2023年10月) 用FTIR和WGS进行了分析.
- WGS方法包括核心基因组多部位序列类型 (cgMLST),核心基因组单核酸多态性分析 (cgSNP) 和分裂k-mer分析 (SKA).
- 使用调整的兰德指数 (AR) 和调整的华莱士系数 (AW) 测量了对应性,用cgMLST作为参考.
主要成果:
- 通过WGS方法确定了一个单克隆和两个多克隆的VREfm爆发.
- 针对cgMLST. ,建立了一个最佳的FTIR切断范围 (0.210-0.227).
- 虽然FTIR与基于WGS的方法有很强的一致性,但与SKA的一致性略小.
结论:
- FTIR提供可靠的基因组聚类,与VREfm的WGS方法相提并论.
- 在VREfm爆发期间,FTIR是支持感染控制的实用和快速替代方案.
- 这种方法可以提高临床微生物学实验室管理VREfm的速度和效率.
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